Nu este nici o diferenta.
Sunt perfect sinonime. Termenul stiintific, medical este necropsie. Autopsie este un termen mai popular, dar folosit si el in medicina.
Pe de alta parte am vazut ca necropsia se refera si la disecarea unor animale moarte pentru a afla cauza mortii(de ex.soareci de laborator).
Sunt sinonime, dar corect este necropsie (format din cuvantul grec nekros = mort si opsis = vedere ).