Depinde. E o intrebare ce poate avea multe explicatii.
Pe scurt, da si nu. Poti sa compilezi acelasi cod C de exemplu pe mac sau pe windows. Ce face compilatoru in spate e treaba lui. Si pe acelasi sistem de operare, codul de asamblare difera din cauza procesorului. Fiecare procesor are setul lui de instructiuni... si deja intram in arhitectura calculatoarelor si nu cred ca te intereseaza asta.
Google it si gasesti explicatii.