Au trecut 30 de ani de la marele seism spațial care a devastat centrul Eurasiei curmând viața a 150 de milioane de persoane. De atunci mici seisme spațiale s-au produs iregulat în toată lumea. Shido Itsuka, un elev normal de liceu întâlnește o fată misterioasă la locul unde s-a produs un seism spațial, el află de la sora sa Kotori, că acea fată este un "Spirit" și că ele sunt cauza producerii seismelor spațiale care afectează toată lumea. Kotori este căpitanul aeronavei Ratatoskr și încearcă să îl recruteze pentru a se folosi de abilitatea sa de a sigila puterea spiritelor. Dar pentru a sigila puterea spiritului trebuie să o facă să se îndragosteasca de el.