În septembrie 2012, barmanul Desmond Miles e răpit de către "compania farmaceutică" Abstergo Industries pentru a fi folosit ca și subiect în aparatul Animus, care poate citi și reda amintirile genetice ale strămoșilor. Doctorul Warren Vidic dorește să descopere amintirile unui strămoș al lui Desmond pe nume Altaïr Ibn La-Ahad, membru al sectei Hashshashin, pe vremea celei de-a treia Cruciade în Țara Sfântă. La început, Desmond are dificultăți în folosirea aparatului, dar în cele din urmă se obișnuiește cu acesta și retrăiește importante evenimente din viața lui Altaïr, pe parcursul următoarelor zile. În prima amintire retrăită, Altaïr, împreună cu alți doi asasini, sunt trimiși în Templul lui Solomon din Ierusalim pentru a recupera un artefact cunoscut sub numele de Piece of Eden (Bucată din Eden), dar e oprit de către Robert de Sablé, Mare Maestru al Cavalerilor Templieri, inamicii principali ai asasinilor. În încercarea de a fura artefactul de la Templieri, Altaïr încalcă toate cele trei reguli din Crezul Asasinilor ("Păstrează-ți tăișul armei departe de carnea nevinovatului", "Ascunde-te din vederea inamicului" și "Nu pune în pericol Frăția"). Acesta încearcă să îl ucidă pe de Sablé, dar nu reușește, fiind prins de brațe și aruncat afară din templu, ceilalți doi asasini rămânând prinși înauntru și nevoiți să se lupte cu Templierii pentru a scăpa.
Altaïr se întoarce la fortăreața asasinilor din Masyaf, dar e urmărit de către Templieri care devastează satul, dar sunt în cele din urmă alungați cu ajutorul unei capcane pregătite de Asasini. Al-Mualim (Învățătorul), liderul clanului Asasinilor îl retrogradează pe Altaïr la gradul de Novice, cel mai jos rang din cadrul clanului, dar îi dă șansa să își recâștige poziția, cu condiția ca acesta să respecte Crezul în misiunile viitoare. Al-Mualim îl însărcinează pe Altaïr cu asasinarea a nouă persoane importante din Țara Sfântă, în orașele Ierusalim, Acra și Damasc. Fiecare victimă e bazată pe personaje istorice adevărate, din jurul anului 1191d.Hr.: Majd Addin (Regent al Ierusalimului), Garnier de Nablus (Mare Maestru al Ordinului Cavalerilor Ospitalieri), Jubair al Hakim, Abu'l Nuqoud (cel mai bogat om din Damasc), Marele Maestru Sibrand al Ordinului Teutonilor și William V din Montferrat (Regent de Acra).
Altaïr își duce la bun sfârșit fiecare sarcină, aflând cum fiecare dintre victimele sale are legături cu Robert de Sablè și Templierii săi, care intenționează să folosească Piece of Eden pentru a controla Țara Sfântă și a aduce pace, luându-le oamenilor libera voință. Acesta află că de Sablè, profitând de asasinatele Frăției, care au adus pierderi atât de partea Cruciaților cât și de partea Sarazinilor, intenționează să convingă cele două tabere să se alieze împotriva noului inamic comun, Hashshashin. Altaïr îl ucide în luptă pe de Sablè în fața regelui creștin Richard Inimă-de-Leu, dar nu reușește să îl convingă pe acesta că sfârșitul războiului ar fi benefic ambelor armate. În ultimele sale cuvinte, Maestrul Templierilor îi dezvăluie lui Altaïr că stăpânul său, Al-Mualim, este el însuși un Templier și că acesta s-a folosit de Altaïr pentru a îi elimna pe toți ceilalți, pentru a folosi puterea Piece of Eden și a conduce Țara Sfântă de unul singur. Altaïr se întoarce la Masyaf, unde găsește toți sătenii și majoritatea Asasinilor într-un fel de transă, toți slăvind numele lui Al-Mualim.
În drumul său spre fortăreață, Altaïr este atacat de un grup de Asasini care încearcă să îl ucidă, dar e salvat de către Malik (rafiq-ul biroului Asasinilor din Ierusalim) și un grup mic de Asasini care au scăpat de sub controlul mintal al artefactului. Altaïr ajunge în grădina castelului, unde Al-Mualim folosește puterea Piece of Eden pentru a-l imobiliza și a-i dezvălui adevărata putere a artefactului și planurile sale bolnave. Altaïr reușește să reziste iluziilor create de către Al-Mualim și îl învinge pe acesta în luptă. Altaïr încearcă să distrugă artefactul, dar acesta se activează, proiectând o imagine holografică a pământului, arătând locația celorlalte comori Piece of Eden. Altaïr se hotărăște să nu distrugă obiectul, ci să îl studieze mai mult timp, dorind să afle mai multe despre originea acestuia.
claudiu97 întreabă: