În general e acceptat că a fost protestant, membru al Bisericii Angliei, în care a fost și botezat, dar sunt unii care speculează că ar fi fost catolic (cu toate că fratele său, Richard, a participat la diferite acțiuni anti-catolice).
În piesa "Henric al IV-lea", povestea proto-protestantului John Oldcastle, ars pe rug pentru erezie în 1417, este spusă dintr-o perspectivă catolică, nefavorabilă lui Oldcastle (al cărui nume a fost schimbat mai târziu în John Falstaff).
Tot Shakespeare, când s-a căsătorit, n-a făcut-o într-o biserică anglică, iar ceremonia a fost oficiată de un oarecare John Frifth, care apare din nou în anale în 1586 (patru ani de la nuntă) drept un preot cripto-catolic. Cu toate astea, soția lui Shakespeare era însărcinată când s-a căsătorit, ceea ce ar lămuri lucrurile.
Ar mai fi și menționarea Purgatoriului în "Hamlet" sau aluzii la iezuitul englez Edmund Campion (martirizat în 1581, canonizat în 1970) în "A douăsprezecea noapte". Dar astfel de speculații sunt șubrede.
Alții indică achiziționarea de către Shakespeare a proprietății din Blackfriars Gatehouse, care era cunoscută drept un refugiu pentru iezuiți și alți papistași. Cu toate astea, Shakespeare probabil avea motive financiare, iar nu religioase.