Sub influenţa hormonilor, endometrul se măreşte în fiecare lună pentru a primi o sarcină, iar în lipsa acesteia endometrul se elimină şi astfel se declanşează menstruaţia. În timpul menstruaţiei, celulele endometriale sunt eliminate, dar mucoasa din afara uterului nu are nicio modalitate de a părăsi corpul şi se inflamează, se poate rupe sau forma ţesut cicatrial dureros, care provoacă durere şi dinsconfort. În mod normal normal menstruaţia este asociată cu durere înainte de a începe faza de sângerare propriu zisa, iar ea dispare în ziua a doua a menstruaţiei. La femeile care suferă de endometrioza durerea continua toată perioada de sângerare şi inclusiv după, de aceea este foarte important să se prezinte la un consult amănunţit atunci când se sesizează durere înainte şi în timpul menstruaţiei, dureri sau tulburări intestinale, pelviene, în timpul sau după actul sexual sau mişcări intestinale sau urinare dureroase în timpul perioadelor menstruale