Poate avea cauze multiple: poate fi primitiv sau secundar, genetic sau consecinţă a unui tratament sau a unei alte boli. In acondroplazie nanismul este „dizarmonic" sau „disproporţionat", afectând în special membrele, în opoziţie cu alte forme „armonice" de nanism, afectând proporţional, întreg scheletul. Boala se caracterizează prin oprirea creşterii oaselor lungi din perioada intrauterină.
Acondroplazia este o boală genetică determinată de mutaţia genei FGFR3, genă care codifică un receptor al factorului de creştere fibroblastică, exprimat în cartilajul de creştere şi care este localizată pe cromozomul 4. Această mutaţie are drept consecinţă o anomalie de creştere a oaselor şi cartilajelor. Cel mai frecvent mutaţia este de novo, rezultatul unui accident mutaţional dar poate fi şi o boală familială (10%), transmisă de unul din părinţi, el însuşi bolnav (transmitere autozomal dominantă). Este suficient ca un singur exemplar al genei să prezinte mutaţie pentru ca boala să se manifeste.