Nu este dureroasa, ci doar neplacuta. Cu 16 ore inainte de a o face nu ai voie sa mananci si trebuie sa bei 2-4 litri de apa in care se dizolva un praf numit fortrans. Acesta iti va provoca numeroase scaune lichide care vor elimina toate materiile fecale din colon si il vor spala in asa fel incat sa poata fi examinat. Inaintea colonoscopiei ti se va adminstra un sedativ usor intravenos care fie te va adormi usor, fie doar te va linisti, asa incat sa minimizeze neplacerea.