Nu exista o versiune mai buna, depinde ce programe instalezi..net framework este o platforma de programare si de exemplu daca vrei sa instalezi un program facut in.net framework 3.5 trebuie sa ai instalat 3.5. gasesti detalii despre versiuni aici http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb822049%28v=vs.110%29.aspx
programul asta http://portableapps.com/apps/utilities/dotnetinspector-portable te ajuta sa vezi ce versiuni ai instalate.
Windows 7 are deja integrat pana la 3.5 deci nu e nevoie sa le instalezi si pe celalate.
Eu pe windows xp foloseam net framework 4, dupa parearae mea cel mai bun, si nu am avut probleme cu el nici la instalare, nici dupa.