Depinde ce doresti sa stochezi pe acele partitii.
Daca sunt fisiere f importante (care nu sunt mai mari de 4 Gb), atunci este mai recomandabil FAT32, deoarece - in caz de vreo defectiune - o poti accesa si sub DOS sau Linux (cu o discheta sau CD preparat bootabil).
Daca nu vor fi fisiere de importanta deosebita sau vor fi si mai mari de 4Gb atunci poti formata NTFS.
Eu iti recomand sa faci una FAT32 si una NTFS, folosindu-le corespunzator indicatiilor anterioare.