Vezi aici diferența între 1.0. 2.0 și 3.0.
http://www.trentonsystems.com/applications/pci-express-interface/
Dar și aici https://en.wikipedia.org/wiki/PCI_Express#PCI_Express_2.0
Este o diferenta minora, si asta intre 2.0 si 3.0 iar aici ma refer doar la latimea de banda trimisa de catre placa video.
Si da, pe o placa de baza chiar daca versiunea portului este 1.0 2.0 sau 3.0 este compatibila cu orice placa video, numai ca acea placa video va fi limitata dpdv al performantelor.