Scanează cu spybot search and destroy și verifică apoi daca mai ai problema.
Daca reinstalezi windowsul vor disparea toate problemele. (Nu inainte de ati salva pe un stick de memorie fisierele importante. Dupa reinstalare scanezi stick-ul cu un antivirus bun.)
Poate tu nu ai reinstalat corect windows chiar de asa ti se pare ti-au disparut de pe desktop tot?
Pune temporar Linux, copiaza-ti fisierele importante, apoi dai format la tot hardul de cateva ori tot cu Linux(dar de data asta bootat live), de preferat cu GParted (Ubuntu vine cu el preinstalat si functional in live) iar abia apoi reinstaleaza Windows-ul, formatand de 5-6 ori consecutiv hardul. Revino si zi daca persista.