Mi se pare că poți să faci upgrade fără chiar să pierzi programele, dacă pornești setup-ul din Windows 7, nu din boot și dai Upgrade în loc de Custom Install.
Chiar dacă nu poți, la instalare, Windows-ul nou pune Windows-ul vechi în foldere separate (Windows_old, Program Files_old), deci nu pierzi nimic nici pe partiția Windows-ului (evident, asta în afara cazului în care faci format).
Alte partiții nu sunt absolut deloc atinse.