Problema nu este atat de complicata pe cat pare. Totul sta in incodarea folosita pentru fisier cand acesta este salvat. Practic daca descarci subtitrarile de pe sit-uri cum ar fi Regielive(sau altele) nu prea ai ce sa faci decat sa inlocuiesti manual acele caractere.
In schimb daca iei de undeva subtitrarile cu copy-paste le poti salva in notepad si cand salvezi la "Encoding" alegi UTF-8. Practic toate diacriticele romanesti nu exista (nu sunt definite) in incodarea Unicode. Din acest motiv in loc sa schimbe pur si simplu incodarea cand salveaza fisierul multi prefera sa salveze in unicode pierzand astfel acele informatii (de obicei sunt inlocuite cu niste caractere destul de ciudate).
Iti recomand sa folosesti Notepad pentru a le modifica cu un Ctrl+H(cred ) si apoi replace all (metoda merge si in Office 2010 doar ca eu folosesc mai mult notepad).
Practic ca sa iti dau un raspuns clar nu cunosc nici un fel de modalitate pentru a rezolva aceasta problema pentru ca TEORETIC nu se poate rezolva deoarece datele pentru diacritice se pierd in momentul cand fisierul este salvat in UNICODE (e ca si cum ai avea cateva foi goale si ai incerca sa iti apara pe ele un eseu fara sa faci nimic).
Succes!