Salut, in general sunt doua optiuni:
1. Programul face management la update-uri (asta inseamna ca tu scrii/ sterpelesti codul pentru conectare la server, descarcare si instalare aplicatie (aici apar unele mici probleme de useri si drepturi de scriere in program files, etc). De asemenea tot tu ar trebui sa gestionezi modul in care se face rollback in cazul unei erori de instalare (sau lipsa de drepturi, etc). Poti sa ciupesti niste librarii deja existente de pe net.
2. A doua optiune ar fi sa utilizezi click once pentru deploy si asta este. Click once insa vine si el cu niste restrictii si bube, dar in general merge. Uita-te putin pe la proprietatile proiectului sau solutiei la publish. Are interfata cu VS... doar specifici unde sa il arunce si gata. Incepi sa te bucuri. Nu e nevoie sa scoti doar versiuni, poti sa rezolvi si bug-uri on fly.
Eu, in locul tau, as merge cu a doua optiune.
Dar trebuie sa intelegi ca sunt niste diferente importante. Click once nu il arunca in program files, ci undeva in appdata la userul respectiv(sau prin zona aia in general). E mai bine sa te citesti un pic pro/contra.
De aia exista net si conceptul de server la care aplicatia sa se conecteze si sa isi faca updateuri cand e cazul