De ce companiile oferă la job-uri bonuri de masă, asigurări, abonamente la sală, etc, dar nu oferă acei bani direct, pe care oricum îi dă pentru acele beneficii?

Fiindcă altfel, nu s-ar mai numi beneficii. Răspunsul se află chiar în întrebarea pe care ai pus-o.
Dacă ar intra în salariu, ar deveni o obligație pe care firma trebuie să o plătească angajatului.

De ce un angajat este "obligat" sa le plateasca?

Stai, cum adică un angajat este obligat să le plătească? Nu am înțeles ce ai vrut să zici.

"Dacă ar intra în salariu, ar deveni o obligație pe care firma trebuie să o plătească angajatului."
Adica, firma nu plateste pentru acele beneficii, pur si simplu ar oferi banii direct in salariu sau deloc. Dar nu raspunde intrebarii principale.

Păi ți-am zis: fiindcă sunt beneficii. Altfel zis, firma plătește mult mai puțin pentru ele decât dacă ți-ar vira direct în salariu suma repsectivelor beneficii.

Nu, nu un angajat este obligat sa le plateasca, ci firma. Nu ai inteles ce a zis Antimanele104.
1. Conform Legii 227/2015 actualizata privind codul fiscal, aceste beneficii firma plateste doar impozitul de 10%, fiind exceptate de la plata contributiilor sociale obligatorii, care reprezinta aproximativ inca 50% din valoarea salariului.
2. Aceste beneficii nu sunt obligatorii, deci acordarea lor poate fi intrerupta cand vrea firma.
3. Daca sumele s-ar baga in salariu, atunci, pentru reducerea salariului ar trebui sa existe o motivare legala serioasa, aproape imposibil de facut in mod normal.