Daca la bacalureat am subliniat fara sa imi dau seama "Subiectul 1". "Subiectul 2" " Subiectul 3". Se considera semn?

Nu, nu se considera. Daca ai fi taiat vertical sau ai fi facut inimioare, stelute, patrate, etc., s-ar fi considerat. Insa am auzit si cunosc multe persoane care au subliniat si nu a fost considerat drept semn.

Oare daca am desenat o figura geometrica necesara cu pixul, iar supraveghetorii nu au spus ca e vreo problema, poate interveni ceva grav?

Nu stiu ce sa zic, se face caz gramada ca e considerat semn si se anuleaza lucrari din cauza subliniatului dar acum nu stiu cat sunt si corectorii de stricti.
N-ai cum sa aflii decat cand se vor afisa rezultatele.
Eu personal nu cred ca se apuca sa anuleze pentru asta.

Nu se considera semn, doar daca sunt simboluri, mazgalituri sau acopera partial/total secvente din text.
Figurile geometrice facute cu pixul nu se puncteaza.